El IUDPAS mantiene alianzas con Universidades de reconocido prestigio como la Universidad José Simeón Cañas, UCA de El Salvador. La Universidad del Valle de Calí, Colombia y particularmente CISALVA, centro de investigación especializado en Observatorios de la Violencia. Además se mantienen relaciones académicas con profesores de la Universidad Complutense de España y la Universidad Autónoma de Madrid, España.

Se han establecido convenios con Medicina Forense, con el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo PNUD y con la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales FLACSO.